Στην άλλη άκρη του νησιού στο κάτω νησί βρίσκεται η εκκλησία της Παναγίας. Είναι χτισμένη πάνω σε ύψωμα και φαίνεται από πολύ μακριά. Είναι η δεύτερη σε μέγεθος εκκλησία του νησιού. Σύμφωνα με την διήγηση των παλιών χωριανών στην θέση της σημερινής εκκλησίας βρισκόταν ένα μικρό βυζαντινό εκκλησάκι. Καθώς ο πληθυσμός του κάτω νησιού είχε αυξηθεί γκρέμισαν το εκκλησάκι και έφτιαξαν την σημερινή εκκλησία. Περίπου το 1895. Πέτρες από το βυζαντινό εκκλησάκι χρησιμοποιήθηκαν για το νέο. Γι αυτό βλέπουμε αγιογραφίες στο ιερό. Οι παλιοί λένε ότι ζούσαν και καλόγεροι στις γύρω σπηλιές γιατί αργότερα βρήκαν τους τάφους τους. Η εκκλησία λειτουργεί σε όλες τις θεομητορικές εορτές. Το Δεκαπενταύγουστο γίνεται πανηγύρι στο προαύλιο της εκκλησίας με την συμμετοχή πολλών πιστών και τουριστών.
Επί μέρους στοιχεία
Οι κατωνησιώτες θέλησαν να φτιάξουν μεγάλη εκκλησία γιατί δεν τους άφηναν στον ΄Αγιο Σπυρίδωνα. Από άγνοια γκρέμισαν το βυζαντινό εκκλησάκι. Οι τέσσερις χωριανοί που πρωτοστάτησαν στο γκρέμισμα εξαφανίστηκαν και κανένας δεν έμαθε τι έγιναν. ΄Όταν έφτασαν στον τρούλο της εκκλησίας κάπως δίστασαν όμως ο Κυριάκος Αρώνης ( Τσουλής ), τον γκρέμισε. Το βυζαντινό εκκλησάκι πρέπει να είχε μοναχούς που έμεναν στις σπηλιές. Αργότερα βρήκαν τους τάφους τους. ΄Αλλοι λένε ότι ενώ έσκαβαν να φυτέψουν τα δέντρα γύρω από την εκκλησία έβρισκαν κόκκαλα παντού.
Θαύματα
1.Η Καλομοίρα Καταγά όταν ήταν μικρή κοπέλα, μαζί με την αδελφή της Φροσύνη βρήκαν πίσω από την Παναγίτσα έναν τάφο. Τον άνοιξαν και καθώς είδαν τα οστά φοβήθηκαν και τον ξανάκλεισαν. Μετά από πολλά χρόνια είδε σε όνειρο την γυναίκα του Κυριάκου Αρώνη
( Τσουλή ), να της λέει να πάει να πάρει τα κόκκαλα που είχε δει παλιά και να τα βάλει σε δικό της τάφο. Αφού το ξαναείδε το ίδιο όνειρο η Καταγά πήγε στον παπα Κούλη και μαζί με άλλους χωριανούς άνοιξαν τον τάφο. ΄Ηταν ο τάφος ενός μοναχού και είχε ένα κεραμίδι με διάφορα γραμμένα, τα οποία δεν μπόρεσαν να τα διαβάσουν. Υπήρχαν και άλλοι τάφοι εκεί.
2.Η Καλομοίρα Καταγά όταν ήταν μικρό κορίτσι πήγε με την γιαγιά της στην Παναγία για να ανάψουν τα καντήλια. Το μικρό κορίτσι είδε μια μαυροφορεμένη γυναίκα να μπαίνει από την μία πόρτα του ιερού και να βγαίνει από την άλλη. ΄Όταν το είπε στην γιαγιά της γονάτισαν και έκαναν μετάνοιες. ΄Όταν ξανακοίταξε το μικρό κορίτσι, είχε εξαφανιστεί η γυναίκα. Κατά την διάρκεια του πολέμου 1912 πολλοί είχαν δει την Παναγίτσα εκεί.
3. Ο παπα Κούλης πήγαινε στην Παναγίτσα με τον Ηρακλή Ανωμήτρη για να λειτουργήσει. Από μακριά άκουγαν πολύ ωραία ψαλμωδία. ΄Όταν έφτασαν δεν ήταν κανένας εκεί.